为进一步完善我县基层医疗机构新农合补偿机制，规范补偿资料，县农合办根据省市督导检查的标准和县卫生局《关于进一步加强乡村一体化管理工作的实施意见》（阳卫医[2008]1号）的要求，自2009年5月12日起，分别对全县9处乡镇卫生院和160多处中心卫生室的补偿资料、收费、药品及库存、卫生室建设规范及乡镇医院的身份认证、医院管理、乡镇农合办资料规范性进行了检查。
在检查中发现，现阶段存在的主要问题是：卫生室方面主要是存根存放不规范，医疗证登记不及时，卫生室公示更新不及时，药房实际药量跟电脑库存不符，新农合账务不规范等。医院方面主要是（一）除水落坡卫生院、商店中心卫生院外，其他医院病历无专人管理、存放不规范。（二）２００９年１－４月份阳信镇、洋湖、水落坡、温店卫生院目录内药品使用率均低于９５％。（三）温店、洋湖、流坡坞均未建立一体化帐。
通过实地检查医院和中心卫生室账目及补偿资料，对各补偿点存在的问题进行了有效地摸底调查，掌握了第一手的详实资料，为以后的工作中心指出了方向。为了确保各补偿点能切实有效的执行好各项政策，确保新农合制度的正常运行，县农合办还与符合标准的卫生室签订了管理协议，从权责两方面规定了各自的工作，以保证新农合的有序良好运行与发展。
同时，针对发现的问题，及时的召开乡镇卫生室情况通报会议，将存在的问题给大家予以指出，并提出纠正及预防意见；对于存在问题的卫生室，根据情况，实行了关闭补偿窗口、整顿的相应处罚。其中，签订协议118份，其余未签订协议的限期予以整顿，七月份重新检查验收，并对问题特别严重的三个卫生室，进行了关闭补偿窗口的处罚。
针对检查的具体情况，县农合办对中心卫生室的整改提出了以下建议：
（一）加快整改中心卫生室运作模式，现在除温店镇中心卫生院以外，洋湖和流坡坞正在运作，人员基本到位；其他医院均在实行卫生室集体所有或者医院所有的模式，但是还有个别乡镇存在个人所有情况，不利于新农合补偿，并由可能造成基金的流失。
（二）各项资料实行规范化管理，各乡镇卫生院、农合办对补偿帐务、票据存根、公示、一体化帐、门诊登记、传染病登记等统一规范，统一制定标准，做到整齐划一，现在翟王卫生院对门诊公示统一定做公示牌，有些乡镇统一定做门诊登记。
（三）充分发挥一体化办公室的职能作用，把中心卫生室运作和新农合的补偿工作结合起来，根据县农合办的考核办法，制定各乡镇医院考核细则，定期或不定期检查，督导，特别是库存药品，必须定期核查，通过县农合的检查可以看出，凡是工作做的好的、合格率高的均是办公室职能发挥好的。